屋上の防水層が一部ふくれているのですが大丈夫でしょうか?

ほとんどのふくれはまだ防水の効力を失っておらず、すぐに漏水に繋がる可能性は低いと思われます。

但し、徐々にふくれが大きくなってきたり、水が侵入してしまっている場合、放置したりすると防水層が破れて漏水に繋がるためメンテナンスが必要です。